2002 წელს თალიბების რეჟიმის დამხობის შემდეგ ავღანელთა მხოლოდ 9 პროცენტს მიუწვდებოდა ხელი ჯანდაცვის სისტემაზე. ბავშვების 25 პროცენტი ხუთ წლამდე ადრე იღუპებოდა. მათი 42 პროცენტის სიკვდილიანობა ადრეულ სტადიაში პროგნოზირებადი დაავადებების უგულვებელყოფის მიზეზით ხდებოდა. მაშინ ქვეყანაში მხოლოდ 460, დაბალხარისხიანი კლინიკა თუ არსებობდა იმდენად, რამდენადაც 23 მ მილიონი ადამიანით დასახლებული ქვეყანაში ჯანდაცვის სისტემა კონფლიქტის შედეგად განადგურდა. სწორედ კონფლიქტის მიზეზით მოხდა, რომ ექიმები და ჯანდაცვის დარგის სპეციალისტები გაიქცნენ ავღანეთიდან, მედიკოსთა ტრეინინგის პროგრამებმა კი საერთოდ შეწყვიტა არსებობა.
შესაბამისად, გასაკვირი არ არის, რომ ნატოს გეგმის მთავარი ასპექტი, რომელიც სტაბილური, თანამედროვე და მოქმედი ავღანეთის მშენებლბას ითვალისწინებს ავღანეთის ჯანდაცვის სისტემის აღდგენასაც გულისხმობს და მიუხედავად იმისა, რომ ავღანეთის ჯანდაცვის სფეროს სტატისტიკა ჯერ კიდევ ერთერთი ყველაზე დაბალია მსოფლიოში, საერთაშორისო საზოგადოების მიერ მილიარდ დოლარზე მეტმა დახმარებამ უკვე გამოიღო შედეგები. ჩვილთა სიკვდილიანობა 21 პროცენტით დაეცა, ტუბერკულოზის მკურნალობა კი, რომელიც ავღანეთის მოსახლეობის სიკვდილიანობის წამყვანი მიზეზი იყო, ახლა 97 პროცენტს აღწევს. ეს ციფრი კი 15ტ პროცენტიანი გაუმჯობესებაა ბოლო 7 წლის მანძილზე.
ამერიკს თავდაცვის, ჯანდაცვისა და ადამიანური რესურსების, ისევე როგორც სახელმწიფო დეპარტამენტი -შეერთებული შტატების საერთაშორისო განვითარების სააგენტოს საშუალებით აქტიურად არიან ჩაბმული ავღანეთის ჯანდაცვის სექტორის განახლებასა და განვითარებაში. იუესეიდმა 535 მილიონი დოლარი გაიღო ავღანეთის ჯანდაცვის პროგრამების დასაფინანსებლად, ააშენა 700 ახალი კლინიკა და რვა ნახევარი მილიონი ადამიანისთვის 13 პროვინციაში გაზარდა ჯანდაცვის მომსახურებაზე ხელმისაწვდომობა. ერთერთი ყველაზე ღირშესანიშნავი წარმატება იყო ავღანელი ბავშვების 95 პროცენტისთვის პოლიომილიტის აცრების ადმინისტრირება.
მიუხედავად აღნიშნულისა, წინ კიდევ ბევრი გამოწვევაა. ეს არის ნაკლებობა ადამიანურ რესურსებში, განსაკუთრებით კი ქალ თანამშრომლებს შორის ქალთა ჯანდაცვის სისტემა ძალიან რთული შესანარჩუნებელია, რამეთუ მათ როგორც წესი კაცი ნათესავის თანხმობა სჭირდებათ იმისათვის, რომ ექიმთან მისვლის ნებართვა მიიღონ. დედების სიკვდილიანობა ასევე ძალიან მაღალია, და ყოველწლიურად 12 დან 13 ათასამდე ქალი ტუბერკულოზს ეწირება.
ავღანეთის ჯანდაცვის სიტემის უზრუვნელყოფა ამერიკის მთავრობის მნიშვნელოვანი წარმატებაა, თუმცა იქ პრობლემები მაინც რჩება.